Okulumuz Manisa Fen Lisesi, 2009/2010 Eğitim Öğretim Yılı başında İMKB Kız Meslek Lisesi?nin 3. katında eğitim hayatına başlamış, 2 yıl burada eğitim verdikten sonra 2011/2012 Eğitim Öğretim Yılında TOKİ tarafından yapılan mevcut binasına taşınmıştır. 2012/2013 Öğretim Yılı sonunda ise ilk mezunlarını vermiştir.
Okulumuz bünyesinde 16 derslik, müdür odası, 3 müdür yardımcısı odası, 3 labaratuvar, kütüphane, rehberlik servisi odası, 2 arşiv odası, 2 olimpiyat çalışma odası, satranç odası, müzik dersliği, hemşire odası, okul aile birliği odası, memur odası, test odası, kantin, öğretmenler odası ve spor salonu mevcuttar. 450 öğrenci ve 26 öğretmen ile eğitim öğretime devam etmektedir.